实验室通过学术委员会主任领导的学术委员会决策实验室的重大科研事务。学术委员会受广州医科大学的委托，是实验室的学术指导与评审机构；设主任1名；委员由国内呼吸系统疾病领域及其相关领域的知名同行科学家组成，每届任期五年。2023年，实验室完成科技部重组。2024年，广州医科大学聘任黎孟枫教授等16人为第一届呼吸疾病全国重点实验室学术委员会委员。
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学术委员会主任 黎孟枫
南方医科大学
研究方向：病毒学
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陈荣昌
深圳市呼吸疾病研究所
研究方向：呼吸病学
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陈新文
广州实验室
研究方向：病毒学
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何建行
广州呼吸健康研究院
研究方向：肺癌
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胡志斌
南京医科大学
研究方向：公共卫生、肿瘤
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刘良
广州中医药大学
研究方向：中医药
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冉丕鑫
广州实验室
研究方向：呼吸病学
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沈华浩
浙江大学医学院
研究方向：呼吸病学
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邬堂春
华中科技大学
研究方向：劳动卫生与环境卫生学
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吴玉章
中国人民解放军陆军军医大学
研究方向：免疫学
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夏宁邵
厦门大学
研究方向：生物学、免疫学
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徐涛
广州实验室
研究方向：细胞生物物理学
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杨子峰
呼吸疾病全国重点实验室
研究方向：临床病毒学
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张海波
加拿大多伦多大学
研究方向：危重症学
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赵金存
呼吸疾病全国重点实验室
研究方向：病毒学
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钟南山
广州实验室
研究方向：呼吸病学
